1、 如果不对秸秆或粪料进行发酵处理，直接施用于土壤，则作物的病虫害会比较多，因为很多的虫卵和病毒、病菌都存在于秸秆和粪料中；
2、另外，还有杂草种子在发酵过程中也被消灭，以利于控制杂草。
3、由于未处理的粪料和秸秆中存在大量热源物质如碳水化合物能量，如果不处理，直接施用于农田或土壤，则会在土壤中发热，造成烧根，农作物死亡等。
4、 另外，秸秆的碳氮比太高，直接施到土壤中后，会在土壤微生物的作用下，争夺土壤中的氮元素来繁殖微生物菌体，造成与植物争氮的不良现象。
5、秸秆中虽然存在大量的氮、磷、钾、硫、镁等肥料元素，但它们在秸秆中多以结合状态存在，如存在于木质素和半纤维素结构中，不能被植物吸收，又如以植酸磷形式存在，造成磷不能被植物吸收等，发酵就是要把它们释放出来，便于植物的吸收利用。
6、直接把秸秆还田，只能腐熟一小部分，速度太慢，所以如果不能加速秸秆的腐熟进程，则大量的秸秆无法进行合理处理，如果焚烧处理，则会造成空气污染，不利于环境。
7、秸秆腐熟可有效提高种子发芽率
以上综述归纳为：防治病虫害，彻底杀死秸杆、畜禽粪便中虫卵和病原菌；提高养分，更好地分解有机质、磷、钾固氮；预防烧苗，彻底腐熟避免施肥后二次发酵；改良土壤结构，提高土壤质量，改善土壤结构，从而保持生态平衡。
